Історія розвитку факультету розпочалась з 2004 року, коли у відповідності з «Програмою розвитку системи освіти та наукової діяльності навчальних закладів і навчально-методичних установ МНС України на 2003-2008рр.» у лютому 2004 року був створений Інститут післядипломної освіти Академії цивільного захисту України, на базі факультету перепідготовки та підвищення кваліфікації (м. Київ) Академії цивільного захисту України та військової частини Д 0050 (с. Ватутіне), який був розташований в с. Ватутіно Харківської області.
Навесні 2005 року Інститут післядипломної освіти Академії цивільного захисту України був перетворений у Факультет підготовки начальницького складу оперативно-рятувальної служби цивільного захисту та науково-педагогічних працівників Академії цивільного захисту України.
У зв’язку з організаційно-штатними змінами в Академії цивільного захисту України, передбаченими наказом МНС України від 02 вересня 2005 року № 184 Факультет підготовки начальницького складу Оперативно-рятувальної служби цивільного захисту та науково-педагогічних працівників Академії цивільного захисту України був перетворений на Факультет післядипломної освіти начальницького складу та фахівців у сфері цивільного захисту Академії цивільного захисту України.
Наказом ректора Академії від 30 вересня 2005 року № 134 по особовому складу на посади факультету були призначені 24 особи атестованого складу та 15 осіб вільнонайманого складу. Колектив Факультету був передислокований до м. Харкова на територію колишнього факультету військової підготовки Харківського державного технічного університету будівництва та архітектури.
З цього моменту розпочався новий етап становлення і розвитку навчальної, методичної, наукової та матеріальної бази нового структурного підрозділу Академії цивільного захисту України.
До складу Факультету увійшли: навчально-методичне відділення; відділення по роботі з персоналом; канцелярія, фінансова частина, чотири кафедри (управління та організації діяльності і сфері цивільного захисту, оперативно-тактична, організації технічного забезпечення цивільного захисту та аварійно-рятувальних робіт, основ наглядово-профілактичної діяльності у сфері цивільного захисту); два курси, відділ спеціального та технічного забезпечення навчального процесу, адміністративно-господарча частина, їдальня, комендатура, група зв’язку, технічна частина з гаражем, навчальна пожежно-рятувальна частина, клуб та бібліотека.
Основними напрямами діяльності факультету є:
- підвищення кваліфікації начальницького складу органів, підрозділів та служб МНС України за категоріями визначеними міністерством;
- перепідготовка (спеціалізація) начальницького складу органів і підрозділів МНС України;
- первинна (курсова) підготовка кандидатів на службу органах, підрозділах та службах МНС України з різними освітньо-кваліфікаційними рівнями та професіями сфери цивільного захисту;
- проведення науково-дослідних робіт за актуальними для сфери цивільного захисту проблемами.
Влітку 2006 року Академія цивільного захисту України реорганізована в Університет цивільного захисту України, а факультет післядипломної освіти начальницького складу та фахівців у сфері цивільного захисту Академії цивільного захисту України перейменовано у факультет післядипломної освіти Університету цивільного захисту України.
У зв’язку з реорганізацією організаційно-штатної структури університету та у відповідності з наказом МНС України від 06.07.2009 р. № 457 з 01 вересня 2009 року факультет перейменовано на факультет цивільного захисту. Поряд з задачами щодо здійснення післядипломної освіти перед колективом постала задача по підготовці курсантів та студентів за освітньо-кваліфікаційним рівнем «бакалавр» за напрямом «Цивільний захист» та керівних кадрів для МНС України за освітньо-кваліфікаційним рівнем «магістр» за спеціальностями «Управління пожежною безпекою» та «Управління у сфері цивільного захисту».
З початку 2014 року студентів, які навчались за спеціальністю «Цивільний захист» та підпорядковувались факультету техногенно-екологічної безпеки передано на факультет цивільного захисту.
З 2016 року на факультеті готуються фахівці за спеціальностями:
«Цивільна безпека (Цивільний захист)»;
«Цивільна безпека (Інженерне забезпечення саперних, піротехнічних та вибухових робіт)»;
«Цивільна безпека (Телекомунікаційні системи в управлінні)»;
«Цивільна безпека (Управління у сфері цивільного захисту)»;
«Цивільна безпека (Управління пожежною безпекою)»;
Загалом за роки існування факультет закінчили понад 1000 студентів.
Факультет функціонує відповідно до законів України «Про освіту», «Про вищу освіту», «Про наукову та науково-технічну діяльність», нормативно-правових актів МОН та ДСНС України, Статуту Національного університету цивільного захисту України та Положенню про факультет.